Сценарий для игры написан на основе сценария фильма. В игре вы сможете вновь пережить самые захватывающие моменты истории противостояния Автоботов и Дисептиконов. Специально для игры было создано несколько абсолютно новых эпизодов, сценарием которых занимался лично автор анимационного сериала «Трансформеры» Флинт Дилле (Flint Dille).
В Transformers: The Game вам предстоит сделать нелегкий выбор: защитить Землю, играя Автоботами, или уничтожить человечество, играя за Дисептиконов. В зависимости от своего решения вы получите уникальный нелинейный сценарий игры. Ключевыми персонажами со стороны Автоботов станут Optimus Prime, Jazz, Ironhide, Bumblebee и Ratchet. Играя за Дисепктиконов, вы сможете выбрать таких персонажей как Megatron, Starscream, Skorponok и многих других. Ключевые моменты игры при прохождении за Дисепктиконов помогут решать Sam и Mikaela. Более того, специально для Transformers: The Game разработчики совместно с дизайнерским подразделением компании Hasbro создали нескольких новых персонажей, которые до этого не появлялись ни в комиксах, ни в мультфильмах.